GROMACS

Moduł na bose: GROMACS/2026.2-foss-2025b. Odczyt gmx --version 20 października 2026 r. potwierdził działający program, OpenMP, thread-MPI i wyłączoną obsługę GPU. Nie wykonywano nowej dynamiki w ramach przygotowania tej strony.

Informacje o programie

module purge
module use /opt/easybuild/modules/all
module load GROMACS/2026.2-foss-2025b
gmx --version
gmx mdrun -h

Nie mieszaj zależności tej wersji z modułem MPI używanym przez ORCA.

Zadanie Slurma

Pobierz gromacs.sbatch i umieść obok przygotowanego pliku run.tpr. Skrypt prosi o 4 fizyczne rdzenie, 8 GB i dwie godziny. Uruchamia gmx mdrun z jednym procesem thread-MPI i czterema wątkami OpenMP, na CPU.

sbatch gromacs.sbatch
sq
sq -a NUMER

To szablon uruchomienia; wymaga poprawnego run.tpr i dobrania zasobów do układu. Obliczenie zapisuje pliki run.* w katalogu zgłoszenia. Ten przykład nie kopiuje danych do scratch i nie korzysta z wrappera Orca ani dispatchera global.

Dłuższe i intensywne dyskowo przebiegi wymagają osobnego skryptu przenoszącego dane na lokalny scratch, z obsługą checkpointów i kopiowania wyników także po przerwaniu.