Pakiety obliczeniowe

Stan odczytany na bose 20 października 2026 r. Lista rozróżnia moduły widoczne w bieżącym środowisku i katalogi znalezione w /opt. Obecność modułu lub katalogu nie jest testem działania ani potwierdzeniem dostępności licencji.

Opisane uruchomienia

  • ORCA przez qjob: konfiguracja i pomoc wrappera sprawdzone; przykład małego zadania.
  • GROMACS: potwierdzono gmx --version; szablon Slurma z przygotowanym run.tpr.

Pozostałe instalacje

Dla poniższych pakietów potwierdzono wyłącznie widoczność modułów lub katalogów. Nie wykonano testowych obliczeń. Polecenia pokazują sprawdzanie konfiguracji modułu; nie uruchamiają obliczenia. Zadania obliczeniowe należy zgłaszać przez Slurm, po dostosowaniu szablonu.

module -t avail
module show NAZWA/WERSJA

Nie zakładaj, że wrappery QChem, Turbomole lub Psi4oep z repozytorium qjob są skonfigurowane na bose. Ich ustawienia domyślne mogą pochodzić z WCSS lub prywatnych instalacji.

ORCA

Obliczenia struktury elektronowej; wspólny wrapper opisano na osobnej stronie.

Katalog: /opt/orca.

Moduły widoczne w bieżącym środowisku:

  • orca/4.0.1.2
  • orca/4.1.0
  • orca/4.2.1
  • orca/5.0.4
  • orca/6.0.1
  • orca/6.1.1
  • ORCA/6.1.1-gompi-2023b-avx2

Sprawdzenie konfiguracji:

module show ORCA/6.1.1-gompi-2023b-avx2

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): 3.0.3, 4.0.1.2, 4.1.0, 4.1.0_shared, 4.1.0_static, 4.2.1, 4.2.1_shared, 4.2.1_static, 5.0.4, 6.0.1, 6.0.1_shared_openmpi416_avx2, 6.1.1, 6.1.1_linux_x86-64_shared_openmpi418_avx2, pkg.

Gaussian

Obliczenia struktury elektronowej. Dostęp do wersji komercyjnych zależy od uprawnień i licencji.

Katalog: /opt/gaussian.

Moduły widoczne w bieżącym środowisku:

  • gaussian/g09
  • gaussian/g16

Sprawdzenie konfiguracji:

module show gaussian/g16

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): g03, g03-D.01, g09, g09-A.02, g09-D.01, g16, g16-C.01.

Q-Chem

Obliczenia struktury elektronowej. Moduł i katalogi instalacji obejmują różne wersje; nie wybieraj ich zamiennie bez sprawdzenia środowiska.

Katalog: /opt/qchem.

Moduły widoczne w bieżącym środowisku:

  • qchem/5.0.2

Sprawdzenie konfiguracji:

module show qchem/5.0.2

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): 4.4, 5.0, 5.0.2, 6.0, 6.0.2, 6.1, 6.2, 6.4, 7.0.

TURBOMOLE

Obliczenia struktury elektronowej. Wybór programu, np. ridft lub ricc2, i trybu SMP/MPI wymaga przygotowanego katalogu wejściowego.

Katalog: /opt/turbomole.

Moduły widoczne w bieżącym środowisku:

  • turbomole/7.0.2
  • turbomole/7.1
  • turbomole/7.2
  • turbomole/7.3
  • turbomole/7.5
  • turbomole/7.6
  • turbomole/7.8
  • turbomole/7.9

Sprawdzenie konfiguracji:

module show turbomole/7.9

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): 7.0.2, 7.1, 7.2, 7.3, 7.5, 7.6, 7.8, 7.9, cefine.

Molpro

Obliczenia struktury elektronowej. Zweryfikuj moduł, licencję i ustawienia MPI dla wybranej wersji.

Katalog: /opt/molpro.

Moduły widoczne w bieżącym środowisku:

  • molpro/2012.1.25
  • molpro/2022.2.3
  • molpro/2023.2.05
  • molpro/2024.1.1

Sprawdzenie konfiguracji:

module show molpro/2024.1.1

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): 2012.1.20, 2012.1.25, 2012.1.25.old, 2023.2.0, 2024.1.1.

Molcas / OpenMolcas

Obliczenia struktury elektronowej. Należy rozróżniać starszy Molcas i OpenMolcas oraz ich środowiska.

Katalog: /opt/molcas.

Moduły widoczne w bieżącym środowisku:

  • molcas/v23.10
  • molcas/8.4

Sprawdzenie konfiguracji:

module show molcas/8.4

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): 7.8, 7.9, 8.0, 8.4, 8.4_mkl_hdf_par, OpenMolcas, orville, pkg, rwg, v23.10, v23.10_mkl_mpi, v23.10_mkl_mpi_omp.

DALTON

Obliczenia struktury elektronowej. Wykryty katalog nie potwierdza gotowego, działającego programu.

Katalog: /opt/dalton.

W odczytanej liście nie znaleziono modułu tej nazwy. Nie podajemy niesprawdzonej komendy startowej.

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): 2020.1, src.

GAMESS

Obliczenia struktury elektronowej. Skrypt uruchamiający zależy od lokalnej konfiguracji builda i DDI.

Katalog: /opt/gamess.

W odczytanej liście nie znaleziono modułu tej nazwy. Nie podajemy niesprawdzonej komendy startowej.

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): 2024-07-15_r2, gamess-2008.04.11.r1.eds-2.8.2, gamess-2008.04.11.r1.eds-2.8.4, gamess-2008.04.11.r1.eds-2.8.4-dbg, gamess-2014.12.05.r1, gamess-2017.09.30.r2.

Psi4 / OEPDev

Obliczenia struktury elektronowej i rozszerzenia OEPDev. Nazwy modułów rozróżniają kompilator i wariant wtyczki.

Katalog: /opt/psi4.

Moduły widoczne w bieżącym środowisku:

  • psi4/1.2.1_intel_oepdev-dev
  • psi4/1.2.1_intel_oepdev-1.1.0
  • psi4/1.2.1_intel
  • psi4/1.2.1_oneAPI_oepdev-1.1.0
  • psi4/1.2.1_oneAPI
  • psi4/1.2.1.py35_oepdev-1.0.2
  • psi4/1.2.1.py35

Sprawdzenie konfiguracji:

module show psi4/1.2.1.py35

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): 1.2.1_intel, 1.2.1_oneAPI, doc, oepdev, src.

OpenQP

Wykryto drzewo źródeł; nie jest to potwierdzenie gotowej instalacji ani skonfigurowanego środowiska Python.

Katalog: /opt/openqp.

W odczytanej liście nie znaleziono modułu tej nazwy. Nie podajemy niesprawdzonej komendy startowej.

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): src.

xTB

Obliczenia metodami tight binding. Liczbę wątków i ustawienia programu należy dopasować do przydziału Slurma.

Katalog: /opt/xtb.

Moduły widoczne w bieżącym środowisku:

  • xtb/6.7.0
  • xtb/6.7.1

Sprawdzenie konfiguracji:

module show xtb/6.7.1

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): 6.7.0, 6.7.1, src.

CREST

Przeszukiwanie konformerów; sprawdź zgodność z wersją xTB w środowisku.

Katalog: /opt/crest.

Moduły widoczne w bieżącym środowisku:

  • crest/3.0.2

Sprawdzenie konfiguracji:

module show crest/3.0.2

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): 3.0.2.

BAGEL

Obliczenia struktury elektronowej. Moduł może wymagać starszego stosu kompilatora i MPI.

Katalog: /opt/bagel.

Moduły widoczne w bieżącym środowisku:

  • bagel/1.0.0
  • bagel/1.0.1
  • bagel/1.2.0

Sprawdzenie konfiguracji:

module show bagel/1.2.0

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): 1.2.0, doc, source, tests.

MOMAP

Narzędzia do obliczeń właściwości molekularnych. Wymagają właściwej konfiguracji środowiska i licencji.

Katalog: /opt/momap.

Moduły widoczne w bieżącym środowisku:

  • momap/2019.B
  • momap/2020.B
  • momap/2022.B

Sprawdzenie konfiguracji:

module show momap/2022.B

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): 2019.B, 2020.B, 2022.B, license, pkg.

TheoDORE

Analiza wyników obliczeń stanów wzbudzonych. Format wejścia zależy od programu źródłowego.

Katalog: /opt/theodore.

Moduły widoczne w bieżącym środowisku:

  • theodore/1.3
  • theodore/2.3
  • theodore/3.1.1

Sprawdzenie konfiguracji:

module show theodore/3.1.1

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): 3.1.1, examples.

GoodVibes

Przetwarzanie wyników obliczeń termochemicznych. Sprawdź interpreter Python i obsługiwany format plików.

Katalog: /opt/goodvibes.

W odczytanej liście nie znaleziono modułu tej nazwy. Nie podajemy niesprawdzonej komendy startowej.

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): build, dist, docs, goodvibes, goodvibes.egg-info, tests.

Molden

Narzędzia do wizualizacji i analizy wyników.

Katalog: /opt/molden.

W odczytanej liście nie znaleziono modułu tej nazwy. Nie podajemy niesprawdzonej komendy startowej.

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): 6.4, 7.2, 7.3.

Luscus

Narzędzia do wizualizacji struktur i danych molekularnych.

Katalog: /opt/luscus.

W odczytanej liście nie znaleziono modułu tej nazwy. Nie podajemy niesprawdzonej komendy startowej.

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): 0.8.6, src.

3DNA

Narzędzia do analizy struktur kwasów nukleinowych.

Katalog: /opt/x3dna.

W odczytanej liście nie znaleziono modułu tej nazwy. Nie podajemy niesprawdzonej komendy startowej.

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): BASEPARS, Examples, FIBER, bin.

pyQRC

Wykryty katalog lokalnego narzędzia; zastosowanie i środowisko wymagają opisu administratora.

Katalog: /opt/pyqrc.

W odczytanej liście nie znaleziono modułu tej nazwy. Nie podajemy niesprawdzonej komendy startowej.

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): build, dist, pyqrc, pyqrc.egg-info, tests.

PyQuante

Wykryty katalog; interpreter i działanie instalacji wymagają sprawdzenia.

Katalog: /opt/pyquante.

W odczytanej liście nie znaleziono modułu tej nazwy. Nie podajemy niesprawdzonej komendy startowej.

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): PyQuante-1.6.4, PyQuante-1.6.4_BB.r1, PyQuante-1.6.4_BB.r2, PyQuante-1.6.5.

ciopt

Wykryty katalog lokalnego narzędzia; sposób uruchamiania wymaga sprawdzenia.

Katalog: /opt/ciopt.

W odczytanej liście nie znaleziono modułu tej nazwy. Nie podajemy niesprawdzonej komendy startowej.

Podkatalogi instalacji (także źródła, przykłady i wersje archiwalne): bin, doc, src, tutorial.

Biblioteki i narzędzia pomocnicze

Pełne środowisko zawiera również kompilatory, MPI, biblioteki matematyczne i narzędzia Python. Bieżący wykaz uzyskasz przez module -t avail; zależności pakietu pokazuje module show NAZWA/WERSJA. Nie ładuj jednocześnie przypadkowych wariantów MPI.