Obliczenia na bose

Dokumentacja pakietów obliczeniowych, skryptów qjob i kolejek. Stan konfiguracji sprawdzony 20 października 2026 r.

Pierwsze zadanie ORCA

Zapisz water.inp w osobnym katalogu obliczenia. Następnie:

Orca --debug -c 4 -m 8 -t 2 water.inp
Orca -c 4 -m 8 -t 2 water.inp
sq

Pierwsze polecenie pokazuje skrypt. Drugie zgłasza zadanie do Slurma. -c 4 oznacza cztery procesy, -m 8 — 8 GB łącznej pamięci zadania, a -t 2 — dwie godziny czasu rzeczywistego. Przykładowy układ wody służy do sprawdzenia uruchamiania, nie jest protokołem produkcyjnych obliczeń.

Po zgłoszeniu zapisz numer zadania. Po zakończeniu sprawdź wynik programu i zużycie zasobów:

sq -a NUMER

Zastąp NUMER rzeczywistym identyfikatorem zadania. Plik wynikowy ORCA ma nazwę water-NUMER.log; poprawny przebieg powinien zawierać ORCA TERMINATED NORMALLY.

Gdzie szukać

• Pakiety: dostępne moduły, wersje i status sprawdzenia.
• ORCA i GROMACS: przykłady uruchamiania.
• qjob: opcje i jednostki.
• Kolejki: lokalny Slurm i dispatcher global.
• Monitorowanie: sq, historia i anulowanie.
• Edycja dokumentacji: zmieniasz .md, uruchamiasz jeden skrypt.

Na bose domyślna partycja Slurma nazywa się bose. bohr, bose i ligol mają niezależne kontrolery; numer zadania jest jednoznaczny dopiero razem z nazwą maszyny.